相关合同条款未及时修订的风险
如果现行有效合同的标的在营改增之前是缴纳营业税的，那么合同中的有关条款在营改增之后就必须及时修订，否则有可能使合同出现履约不能的情况，造成公司或者合同对方违约。
首先，营业税是价内税，增值税是价外税，这一根本变化很可能会影响企业的定价机制，企业的法务人员应及时和财务及业务团队沟通，及时调整合同的有关价格条款。同时，增值税的应纳税额等于销项税额减进项税额，不同于原来营业税的应纳税额由收入乘以税率即可得出，如果原合同中双方有约定价款是否含税的话，那么营改增以后最好在合同中注明增值税的含税价格是指“销项税额”而非“应纳税额”，以避免因理解不同带来纠纷。
其次，营改增之前，营业税的纳税义务发生时间为纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产并收讫营业收入款项或者取得索取营业收入款项凭据的当天。营改增之后，在先开具发票的情况下,纳税义务发生时间为开具发票的当天，此时无论收入是否实际到账都要缴纳增值税，企业若没有注意到此类纳税义务发生时点的调整，则可能带来商业或涉税风险。建议企业修改合同或签订补充协议，尽量将付款条款明确为类似“付款日凭结算单按实开具增值税发票”的表述，以避免在实际收取款项之前开具增值税发票，导致纳税义务提前发生，影响企业现金流。
再次，如果一份合同横跨营改增前后，按照原合同规定，服务提供方仅需开具营业税发票，但营改增之后服务提供方需要缴纳增值税，开具增值税发票。此时，服务购买方希望服务提供方开具增值税专用发票，以便抵扣进项税额；而服务提供方是否可以及时开具管理更加严格的增值税专用发票需双方进一步确认和协商，并对合同及时进行修改，否则就可能导致双方发生纠纷。
鉴于以上合同条款受营改增影响相对较大，建议纳税企业法务人员与业务和财务团队主动梳理采购和销售合同，确定可抵扣范围和纳税范围以确定合理价格，然后就价格条款、付款时间、发票等条款主动与合同对方协商，在必要的情况下变更合同或签订补充协议，避免税收政策变动带来的损失。
“三流”不一致的风险
增值税税率普遍高于营业税税率（娱乐业部分5%-20%税率项目除外），而营改增的重要目的之一是降低企业税负，即在于通过抵扣进项税额的方式在整体上减轻企业税负。因此，增值税专用发票等抵扣凭证十分重要。为了强化和规范增值税征收管理工作，国家税务总局历年来出台一系列相关规定，特别是《关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号），将资金流（银行的收付款凭证方向）、票流（发票开具方向）和物流（或劳务流的提供方向）相互统一，即所谓“三流一致”作为申报抵扣的前提，否则不予抵扣。
实践中，如何解读这一条款存在争议，特别是商业社会代收转付频繁出现的情况下，判断资金流时，是以直接支付还是价款最终承担作为标准，各地税务机关存在不同理解。另外在实务中，三流不一致可能被解读为经济利益往来具有“账外暗中”的嫌疑，易引发商业贿赂风险，尤其在以《反不正当竞争法》修订草案为代表的强化对商业贿赂监管的大背景下尤其需要注意。建议企业尽可能通过完善合同等方式最大程度降低风险。
增值税专用发票管理风险
与对包括营业税发票在内的其他发票相比，增值税专用发票的管理制度更加严格，违法后果也更加严重。我国《刑法》中涉及增值税专用发票的罪名就多达五项，涵盖虚开增值税专用发票（第二百零五条）、伪造或者出售伪造的增值税专用发票（第二百零六条）、非法出售增值税专用发票（第二百零七条）、非法购买增值税专用发票或者购买伪造的增值税专用发票（第二百零八条）、盗窃增值税专用发票等多种犯罪行为（第二百一十条），面临的刑事责任包括罚金、没收财产、管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑直至死刑。除刑事责任外，企业还可能面临基于《税收征收管理法》的行政处罚和因善意接受虚开增值税专用发票不能抵扣带来的税款损失。
企业在内控合规工作中，应注意将增值税发票的申领、保管、开具、获取、抵扣、缴销、认证等环节纳入规范管理，严格管理增值税专用发票购买和认证所需的企业公章和法定代表人签章，对相关人员进行必要的培训，并在员工手册中或内部纪律中明确责任、义务和违纪后果。
供应商管理风险
营改增是把双刃剑，一方面可在一定程度上避免重复课税、促进社会分工，另一方面也为企业的采购制度和供应商管理带来了挑战。为确保顺利抵扣进项税额，企业应在与供应商签订协议前对其进行更为严格、全面的筛选和尽职调查。如果供应商为一般纳税人，那么对其能否开具增值税专用发票需进行确认。如果供应商是小规模纳税人，但其产品或服务价格较低足以弥补由于进项税额不能抵扣所带来的损失，那么同等条件下也可考虑。在对供应商的尽职调查中，除常规调查项目外，还应对供应商开具增值税专用发票的资质，及时、准确开具增值税专用发票的能力，以及增值税专用发票相关的违法违规记录等进行调查。
注意要点
营改增为企业带来机遇，也带来挑战。鉴于上述的潜在法律风险，企业应尽快熟悉营改增的各项规定和流程，并注意做好以下工作：
梳理存量合同，按照营改增政策进行相应的调整。对合同模板进行合法性审阅和合规性修订，结合产品定价和供应商信息综合调整相关合同条款。
熟悉增值税管理的各项流程制度，掌握增值税发票领用存及抵扣要求，规范使用发票，确保增值税合规。
制定有效内控手段，通过尽职调查等手段调研供应商信息，对供应商资质进行严格审核，降低经营风险。
